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會造成兒童慢性咳嗽的原因很多，根據國外研究，最常見的前三名分別是氣喘、持久性的細菌性氣管炎(Protracted bacterial bronchitis)、非特異性咳嗽。如果小孩久咳不癒，醫師懷疑是氣喘，會考慮投予氣喘藥物，經過2至4周的治療，如果治療效果不佳，其實就應該考慮是其他因素引起的。

持久性的細菌性氣管炎，是造成五歲以下幼童慢性濕咳最常見的原因，通常很難診斷，除了慢性濕咳以外，病童沒有流鼻水或是其他症狀，肺功能或是x光也是正常的，治療通常需要兩到四周的口服抗生素。非特異性咳嗽，通常是找不出原因，不過不需要任何治療就會自行痊癒，所以很多人的咳嗽咳的一蹋糊塗，看了一堆醫師都沒有效，結果莫名其妙就好的，就是這個疾病。

慢性咳嗽原因很多，例如小小孩異物卡在氣管也是可能原因，之前我們有小朋友第1次吃花生，就出現咳嗽不止還有類似氣喘發作的喘鳴音，用了藥物也沒有改善，安排內視鏡檢查後發現1顆花生就卡在氣管上面，移除以後就完全改善了。有些慢性咳嗽也和胃食道逆流有關，所以當咳嗽看不好，有些醫師會建議你改看腸胃科的原因就在此。